• توجه الدولة 

واجهت التعاونيات في ظل النظام البائد، عقبات تمثل أكبرها في توجه الدولة المناهض للتعاونيات، وانعكس هذا التوجه في إصدار التشريعات المناهضة للتنمية التعاونية (قانون الضرائب، قانون الجمارك، الرسوم المختلفة، …) وإلغاء الإعفاءات والمزايا المتعلقة بالتعاونيات. بالإضافة إلى ذلك، وضعت هذه التشريعات العديد من القيود علي التعاونيات مما أثر في استقلاليتها وحريتها. كذلك، واجهت التعاونيات أزمة أخرى تمثلت في مصادرة ممتلكاتها وأصولها، بدايةً من المركز القومي لتدريب التعاونيات وحتى مقار ومخازن الجمعيات من دون تقديم تعويض، كما تجاهلت الدولة رغبات التعاونيين في إصدار التشريعات المناسبة والتي تضمن العلاقة بين التعاونيات وأجهزة الدولة. 

أيضاً، استمرت الهمينة الحكومية على المؤسسات التعاونيية وسيطرتها على الهيئات الحكومية وتوجيه امورها دون أن تقوم بأي حركة جادة في سبيل تحسين أوضاعها حتى سقوط النظام. 

• ثقافة التعاونيات

من ناحية أخرى، مثلت الثقافة التعاونية الرسمية والشعبية، أحد معوقات التطور التعاوني، حيث يسود التصور الخاطئ عن التعاون والخلط بينها وبين أجهزة الدولة في أذهان متخذي القرار في قمة أجهزة الدولة، والموظفين، والجماهير، وحتى بعض القيادات التعاونية. وقد ساهم الإعلام الرسمي في مرحلة من المراحل في ترسيخ هذه الأفكار، الأمر الذي أدى إلى ضعف الثقة في الفكرة التعاوني وفي المنظمات التعاونية. 

• الهيكل التنظيمي

عانت أيضاً الحركة التعاونية من مشكلات أخرى، مثل حالة الجمود التي ضربت الكثير من الهياكل التنظيمية والإدارية للتعاونيات، بحيث أصبحت مختلة وغير متوازنة، بالإضافة لعدم وجود أي نظم إحصائية أو قواعد بيانات يُعتمد عليها في إدارة وتخطيط قطاع التعاونيات. كذلك، ساهم ضعف الهياكل الإدارية في إضعاف أنشطة التدريب والتثقيف التعاوني وأصبحت شكلية في معظم الأحيان، كما تزايدت الأعباء المالية من نفقات جارية واستثمارية بسبب غياب المصادر التمويلية المناسبة التي تواجه التعاونيات مع تقلص حجم مواردها وإلغاء معظم المزايا التي كانت تتمتع بها. 

• الضعف العام

رغم تاريخها القديم في البلاد، إلا أن التعاونيات لم تكن منيعة ضد الضعف والترهل الذي أصاب الكثير من القطاعات في النظام البائد، وصاحب هذا الترهل ضعف في الإنتاجية وسيطرة البيروقراطية والفساد وتغليب المصالح الفردية على المصلحة العامة. وقد أدت هذه الظروف مجتمعة على عزوف الأعضاء عن المشاركة في الأنشطة التعاونية بشكل اختياري، وفقدانهم الثقة في التعاونيات كمنظومة والقدرة على إصلاحها، وقد تمدد هذا العزوف إلى المواطنين بمستوياتهم المختلفة، حيث أصبحوا يترددون في اختيار التعاونيات كبديل لمواجهة مشاكلهم المختلفة وإيجاد الحلول لها عبر التعاونيات.  

• التغيرات في السياسة الاقتصادية

ومن ناحية السياسات الحكومية، مثل تغير توجه السياسيات الاقتصادية للدولة بالأخض الزراعية منها على التعاونيات، حيث تغير توجهها نحو تسيير سياسة التحرير غير المتوازنة للقطاع التعاوني، واعتماد آليات السوق الحر في توجيه الموارد، مما أدى إلى تغيير البيئة الاقتصادية التي كانت تعمل فيه التعاونيات. كما واجهت التعاونيات مجموعة من التغييرات الإضافية نتيجة إلغاء الدعم وكثير من الامتيازات، تحرير سعر الفائدة، والتحرير النسبي لسعر الصرف وغيرها من الإجراءات التي دفعتها لإعادة النظر في أساليب عملها واستراتيجياتها حتى تستطيع الاستمرار، الأمر الذي أثر في أداء التعاونيات في مختلف القطاعات.