كما نص البروتوكول على إنشاء المفوضية الوطنية لمراجعة الدستور والتي تألفت من ممثلين عن حزب المؤتمر الوطني المحلول والحركة الشعبية لتحرير السودان وقوى سياسية أخرى والمجتمع المدني، حيث عملوا على إعداد إطار قانوني ودستوري على أساس اتفاق السلام ودستور 1998م وهو الأمر الذي أسفر عن إجازة دستور جمهورية السودان الانتقالي في 6 يوليو 2005م.
فيما يخص الإدارة الإقليمية لشمال السودان، حصل حزب المؤتمر الوطني المحلول على 70 في المئة من المقاعد التنفيذية والتشريعية وتحصلت الحركة الشعبية لتحرير السودان على عشرة في المئة، بينما تحصلت الأحزاب السياسية في الجنوب على 20 في المئة.
بالنسبة لحكومة الجنوب، حصلت الحركة الشعبية لتحرير السودان على 70 في المئة من المقاعد الحكومية والتشريعية، فيما حصلت القوى الجنوبية الأخرى وحزب المؤتمر الوطني المحلول على 15 في المئة لكل منهما.
فيما نص بروتوكول حل النزاع في جبال النوبة وجنوب النيل الأزرق الذي وقع في 26 مايو 2004م، على اقتسام السلطة التنفيذية والتشريعية في الولايتين، حيث حصل حزب المؤتمر الوطني المحلول على 55 في المئة والحركة الشعبية لتحرير السودان على 45 في المئة، على أن يكون الحكم في الولايتين دورياً حيث يتولى كل جانب منصب المحافظ لنصف الفترة السابقة على إجراء الانتخابات.
أيضاَ تم توقيع بروتوكول فض النزاع في أبيي الذي وقع في 26 مارس 2004م، بحيث يكون السكان مواطنين لكل من شمال السودان وجنوبه، بجانب تقسيم صافي عائدات النفط خلال الفترة الانتقالية إلى ستة أجزاء؛ حيث تحصل الحكومة الوطنية على 50 في المئة وحكومة جنوب السودان على 42 في المئة، بينما تحصل كل من منطقة بحر الغزال (جنوب السودان) وغرب كردفان وسكان نجوك دينكا وسكان المسيرية على اثنين في المئة.
على أن يصوت سكان أبيي بعد نهاية الفترة الانتقالية، على الاختيار بين الاحتفاظ بالوضع الإداري الخاص في الشمال، أو الانضمام لولاية بحر الغزال وهي جزء من جنوب السودان، لكن حتى بعد مرور أكثر من 11 سنة على انقسام جنوب السودان، إلا أن أبيي ما تزال تحتفظ بوضعية خاصة.
في 31 كانون ديسمبر 2004م تم توقيع اتفاق وقف إطلاق النار الدائم والترتيبات الأمنية وتنفيذها، حيث تنشأ وحدات مسلحة مشتركة قوامها نحو أربعة آلاف جندي وتنشر في أنحاء الجنوب والمناطق الثلاث التي كانت متنازعا عليها فيما سبق؛ وهي أبيي وجنوب النيل الأزرق وجنوب كردفان، فضلاً عن وحدة واحدة في العاصمة.
فيما يخص التمويل، تقدم الإدارة في جنوب السودان التمويل الرئيسي لوحدات الحركة الشعبية لتحرير السودان، بينما تمول الحكومة في الخرطوم الجيش الشمالي والوحدات المشتركة، خلال فترة انتقالية مدتها ستة أشهر، فيما تم ترك تمويل القوات الجنوبية في المدى الطويل ليقرره المجلس الوطني خلال الفترة الانتقالية.
أيضاً تم الاتفاق على إلغاء حالة الطوارئ المفروضة في السودان منذ عام 1999م في جميع المناطق الخاضعة لاتفاق وقف إطلاق النار الموقع بين الحكومة والحركة الشعبية لتحرير السودان، أيضاً إلغاء حالة الطوارئ في المناطق الأخرى “باستثناء المناطق التي لا تسمح فيها الاوضاع بذلك”، إطلاق سراح أسرى الحرب في غضون 30 يوماً من توقيع اتفاق السلام.
في 31 يسمبر 2004م، تم توقيع اتفاق تنفيذ البروتوكولات والاتفاقيات، حيث يضع الاتفاق الجداول الزمنية ويحدد الأدوار والمسؤوليات في تنفيذ البروتوكولات.
